Nel 1937 Alessandro convinse la madre Catherine a legare la collezione naturalistica al Comune di Novara. Nello stesso anno la municipalità acquistò il palazzo Faraggiana sito in Novara, con l'intento di esporvi le collezioni naturalistiche ed etnografiche. Questa operazione non fu però possibile per lo scoppio del secondo conflitto mondiale e la collezione rimase a Meina fino al 1946.

Prima di prendere corpo come un vero museo, la collezione naturalistica subì le traversie tipiche di molte collezioni che vengono acquisite dalle amministrazioni pubbliche, senza un piano preciso per il loro utilizzo e senza i fondi necessari per renderle operative: trasferimenti, allestimenti provvisori, abbandoni in varie sedi, ecc. La collezione Faraggiana seguì in parte questo iter, sebbene si differenzi dalle collezioni di altre città per il lieto fine. Trasportata a Novara in più viaggi fra il 1946 e il 1948, la collezione fu in parte esposta nel 1949, assieme alla collezione Ferrandi, in alcune sale del Palazzo del Mercato, subito disallestite per sopravvenuti lavori di ristrutturazione del palazzo stesso.

Nel 1957 la collezione fu nuovamente esposta in sette sale del Palazzo Faraggiana, nelle vecchie vetrine che la contenevano nella villa di Meina. Nel 1976, grazie all'intervento finanziario della Fondazione Faraggiana, furono riallestite tre sale dedicate alla fauna italiana, come modello per quello che doveva essere il futuro museo naturalistico. Bisognerà tuttavia aspettare il 2000 perché il museo novarese apra al pubblico, presentandosi come ampio museo moderno.

Alessandro Faraggiana fu dunque senza dubbio l'artefice della nascita del museo di Novara, cui garantì lo sviluppo progettando una fondazione destinata, fra le altre cose, a sostenere l'attività del museo; fondazione che si realizzò alla sua morte, avvenuta nel 1961, in ossequio alle disposizioni testamentarie.